长期以来，人们一直认为是安全卫生的。但是，因为水污染，自来水屡屡受到影响，使人们对自来水的安全性提出质疑。
目前自来水的处理依然沿用一百年前的传统工艺即“混凝沉淀～过滤一一净化”，将江河水或简单加工成可。经过一百年的世纪洗礼。当代的现状与一百年前的水已经截然不同了。传统的工艺对降低浑浊度，去除水中悬浮物有较好的净化消毒作用，但对目前以有机污染为主的微污染，则不能彻底去除有机污染物、农药、环境内分泌干扰物和藻毒素，致使出厂水时有检出，甚至超标。
氯化消毒是我国沿用多年且仍然普遍采用的自来水消毒技术。近二十年来，人们逐渐发现在氯化消毒的同时，会产生一系列消毒副产物，其中大部分对人体健康构成潜在的威胁。
现已发现氯化消毒副产物300多种，其中许多氯化副产物在动物实验中证明具有致突变性和(或)致癌性，有的还有致畸性和(或)神经毒副作用。譬如三氯甲烷、一溴二氯甲烷、二溴一氯甲烷、和三溴甲烷均对实验动物有致癌性，可引起甲肝、肾和肠道肿瘤。卤代乙酸类中的二氯乙酸、三氯乙酸、二溴乙酸等也能诱发小鼠肝肿瘤。三氯甲烷和二氯一溴甲烷已被世界卫生组织列在其《饮用水水质准则》中，作为有致癌性的物质而确定了致癌危险性水平的限值。我国许多研究证明，氯化饮用水的有机提取物，在artles试验、小鼠骨髓微核试验中均有致突变性，有的还证实具有潜在致癌性。
由于氯消毒会产生大量副产物，许多消毒已用于饮用水消毒。如二氧化氯、、紫外等。但同样也会出现不同类型的消毒副产物。如二氧化氯消毒，会产生亚氯酸盐、氯酸盐等副产物。臭氧消毒可能会产生溴酸盐、甲醛等副产物。这些副产物对健康也会产生危害。
从保护人群健康出发，在进行饮用水消毒时应尽量降低副产物的生成。其中最为重要的问题之一是水中是否含有与消毒剂生成消毒副产物的前体物质。如氯消毒时原水中腐植质等大分子团有机物含量，二氧化氯消毒时有机物含量，臭氧消毒时溴化物含量等。因此对减低消毒副产物的前体物质，选择消毒剂最佳投加量等问题引起众多科学工作者的关注与研究。
但我国大城市的输配水主管道许多是20世纪五六十年代安装配备的，经过半个世纪的氧化和腐蚀，由于物理、化学、电化学、微生物等的作用，在给道的内壁会逐渐形成不规则的“生长环”，且随着管龄的增长而不断增厚，使得过水断面面积减小、输水能力降低并严重污染水质，加之城市自来水管网年久失修，维护管理不力，管网渗漏高达20％以上，甚至40％。造成二次污染，安全堪忧。